В споре с регистрирующим органом не подлежит защите вещное право на имущество, однако это не означает, что даже при наличии такого спора в ситуации, когда действия регистрирующего органа совершены с нарушением требований закона, соответствующие действия не могут быть оспорены. Напротив, заявленное в подобной ситуации требование подлежит разрешению по существу в установленном порядке, но решение по такому делу, в том числе и при наличии спора о праве, не должно привести к нарушению прав на имущество иных лиц.
Индивидуальный предприниматель имеет право защищать свои права различными способами, в частности, оспаривание действий регистрирующего органа и признание их незаконными и нарушающими права заявителя дают ему возможность требовать возмещения убытков, причиненных подобными действиями.